Bayonne est située à la frontière occidentale entre le Pays basque et la Gascogne, elle occupe donc un territoire marqué par un relief plat à l'ouest et au nord (zone de la forêt landaise), tendant à s'élever légèrement en allant vers le sud et l'est, c'est-à-dire vers la zone pyrénéenne basque.

Proche de la frontière nord de l'Espagne, Bayonne est située au confluent de l'Adour et de la Nive. La ville détient un port actif et sûr, et elle est le principal foyer actif du Pays basque français. Son ancien nom est Lapurdum (nom du camp romain qui se tenait sur l'emplacement de la ville), qui a donné son nom à la province du Labourd. La ville est le siège à partir du xie siècle de l'évêché de Bajonencis issu partiellement du découpage de l'Aquencis. Au ive siècle, la ville est un cantonnement militaire de la cohorte de Novempopulanie. Le nom de Baiona n'apparaît qu'au début du xiie siècle.

Antiquité
Le site d'occupation humaine le plus ancien reconnu est sis sur une butte qui domine la Nive et son confluent avec l'Adour.
Un castrum romain est avéré aux alentours des IVe et Ve siècles, nommé Lapurdum, qui a laissé son nom à la province du Labourd, Lapurdi en basque. Cette implantation romaine est stratégique car elle permettait de surveiller les routes vers l'Espagne et les populations locales insoumises au pouvoir romain. La construction couvre de 8 à 10 ha selon les auteurs.

Moyen Âge
La cité est ensuite tour à tour romaine, vasconne puis « anglaise » durant trois siècles (xiie au xve).
La cité est abandonnée par les Romains au IVe siècle, et la tribu des Vascons en profite pour se répandre en Novempopulanie, la province comprise entre Garonne, Océan et Pyrénées. De ce fait la Novempopulanie est rebaptisée Vasconie, puis Gasconie après déformation germanique (invasions Wisigothiques puis franques). Mais la basquisation de la région des plaines est trop faible face à la romanisation avancée. Du mélange entre vascon et latin naît le dialecte gascon.
Lorsque le Labourd est créé en 1023, Bayonne en est la capitale. En 1130 le roi d'Aragon Alphonse Ier le Batailleur fait le siège de la ville, sans succès. Bayonne passe sous domination anglaise lorsque la duchesse d'Aquitaine (Aliénor) épouse le roi d'Angleterre en 1152. Cette alliance confère à Bayonne de nombreux privilèges commerciaux. Les Bayonnais deviennent les transporteurs des vins de Bordeaux et d'autres produits du sud-ouest comme la résine, le jambon ou le pastel vers l'Angleterre. Bayonne est aussi une base militaire importante détenant des chantiers navals et de nombreux marins. Richard Cœur de Lion la sépara en 1177 de la vicomté de Labourd dont la capitale devint alors Ustaritz. Comme bien des villes à l'époque, Bayonne obtient en 1215 l'octroi d'une charte communale et s'émancipe des pouvoirs féodaux.

Renaissance
Dunois (ex-compagnon d'arme de Jeanne d'Arc) enlève la ville en 1451 et l'annexe à la Couronne sans trop faire de victimes grâce à la présence d'esprit de l'évêque qui assura avoir vu une fleur de lys dans les cieux pour dissuader les Bayonnais de se battre contre les troupes royales.
La ville continue d'être fortifiée par les rois de France face aux dangers de la frontière espagnole proche. En 1454, Charles VII érige en circonscription judiciaire particulière la sénéchaussée des Lannes — simple subdivision de la Guyenne pendant la période anglaise — compétente sur une vaste région couvrant Bayonne, Dax et Saint-Sever pour y exercer la justice civile, la juridiction criminelle restant de la compétence de l'échevinage. Au fil du temps, le «sénéchal d'épée», qui demeure à Dax perd tout rôle autre que protocolaire et Bayonne (en même temps que Dax et Saint-Sever) devient de facto le siège d'une sénéchaussée distincte, sous l'autorité d'un «lieutenant-général du sénéchal».
L'âge d'or de la ville s'achève au xve siècle avec la perte des échanges commerciaux avec les Anglais et l'ensablement du port de Bayonne provoquée par le déplacement du cours de l'Adour vers le nord.

xvie siècle
Le début du xvie siècle en Labourd est marqué par l'apparition de la peste. La lecture des Registres permet de suivre son expansion. En juillet 1515,la ville de Bayonne fait « défense d'accueillir les gens des lieux pestiférés » et le 21 octobre, « l'on fait inhibition et défense à tous les manants et habitants de la présente cité (...) d'aller en la paroisse de Bidart (...) à cause de la contagion de la peste ». Le 11 avril 1518, la peste sévissant à Saint-Jean-de-Luz, la ville de Bayonne « fait inhibition et défense à tous les manants et habitants de la cité et autres étrangers d'aller entretenir des relations au lieu et paroisse de Saint-Jean-de-Luz où les gens sont morts de la peste ». Le 11 novembre 1518, la peste est présente à Bayonne, au point que le Conseil de ville s'installe en 1519 au quartier de Brindos (Berindos à l'époque) à Anglet.
En 1523, le maréchal de Lautrec force, par une résistance héroïque, les Espagnols à lever le siège de Bayonne.
Au xvie siècle, les ingénieurs du roi sont dépêchés sur place pour réaménager l'Adour et lui creuser un estuaire pour fixer son lit. Le port de Bayonne reprend alors une plus grande activité. La pêche à la morue et à la baleine assurent les richesses des pêcheurs et des armateurs.
Au moment où Christophe Colomb découvre l'Amérique, l'Inquisition sévit dans la péninsule ibérique et des Juifs, quittant l'Espagne et surtout le Portugal, s'installent à Saint-Esprit. Ils importent le chocolat en France.
En 1565, une rencontre entre Catherine de Médicis et l'envoyé de Philippe II d'Espagne, le duc d'Albe est connue sous le nom d'entrevue de Bayonne.
De 1611 à 1612, le Collège de Bayonne a pour Principal un homme de 26 ans plein d’avenir : Jansénius, futur évêque d’Ypres. Ainsi Bayonne devient-elle un temps le berceau du jansénisme austère et savant qui agitera si fortement la monarchie de Louis XIV.
Au cours des conflits sporadiques qui agitent les campagnes françaises du milieu du xviie siècle, les paysans de Bayonne se trouvent à court de poudre et de projectiles. Ils fichèrent leurs longs couteaux de chasse dans les canons de leurs mousquets, confectionnant des lances improvisées que l'on appellera par la suite baïonnettes.
Ce même siècle, Vauban est chargé par Louis XIV de fortifier la ville. Il lui adjoint une Citadelle bâtie sur une éminence surplombant le quartier de "San Espirit deou Cap do Pount".

Révolution et Empire
En 1792, le quartier de Saint-Esprit, partie de Bayonne située sur la rive droite de l'Adour est séparé de la ville et renommé Jean-Jacques Rousseau. Il ne revient dans le giron de Bayonne que le 1er juin 1857. Pendant 65 ans, la commune autonome dépendait du département des Landes.
En 1808, au château de Marracq, est signé sous "l'amicale pression" de l'Empereur l'acte d'abdication du roi d'Espagne Charles IV en faveur de Napoléon Ier. Dans la foulée, est paraphée la Constitution de Bayonne, première constitution espagnole.
Le commerce qui faisait la richesse de la ville au xviiie siècle souffre considérablement à cette époque, durement sanctionné par les conflits avec l'Espagne, partenaire commercial historique de la région.

xixe siècle
En 1854, le chemin de fer arrive de Paris avec de nombreux touristes désirant goûter aux plages de Biarritz. Bayonne se tourne plutôt vers la sidérurgie avec les forges de l'Adour. Le port prend alors une allure industrielle mais son déclin est inexorable et lent au xxe siècle. La découverte du gisement de Lacq lui redonne un certain dynamisme.
Le traité de Bayonne est conclu le 2 décembre 1856. Il remédie aux difficultés rencontrées dans la zone s'étendant de l'embouchure de la Bidassoa jusqu'à la limite entre la Navarre et l'Aragon.

xxe siècle
Le matin du samedi 23 décembre 1933, le sous-préfet Anthelme reçoit Gustave Tissier, directeur du Crédit Municipal de Bayonne. Il répond ainsi - avec un peu d’étonnement - à sa demande pressante d’entretien. Quelle n’est pas sa surprise de voir l’homme lui déballer ce qui va devenir l’escroquerie du siècle. « Tissier, directeur du Crédit Municipal, a été arrêté et écroué à la Maison d’Arrêt, sous l’inculpation de faux, d’usage de faux et de détournement de deniers publics. Il a été émis pour plusieurs milliers de faux bons de Crédit Municipal... ». C’est en ces termes que le journal Le Courrier de Bayonne relate l’événement quelques jours plus tard. C’est le début de l’Affaire Stavisky qui de scandales en crises politiques aboutira à l’émeute parisienne du 6 février 1934.

Après avoir fait sauter le 21 août 1944 une vingtaines de navires dans le port, les troupes allemandes se retirent. Le 22, un ultime convoi de cinq véhicules traverse la ville. Il transporte des agents de la Gestapo de la douane et quelques éléments de la Feldgendarmerie. Un ou plusieurs allemands ouvrent le feu à la mitraillette faisant trois victimes (au carrefour Saint-Léon, prés de la Gare et aux abords de la Citadelle). Le 23 c'est l'installation immédiate et informelle d’une « Délégation Municipale Spéciale » par le tout jeune Sous-Préfet Guy Lamassoure, représentant le Gouvernement Provisoire de la République Française (instauré à Paris depuis juin).

- Château-Neuf, anciennes enceintes anglaises du xiiie siècle, sur lesquelles fut élevé ce nouvel ensemble sous Charles VII au xve siècle ;
- Château-Vieux, du xie siècle, construit par les vicomtes du Labourd. La rançon de François Ier (retenu par Charles Quint à Madrid après avoir été capturé à la défaite de Pavie en 1525) y fut collectée. Du Guesclin y fut prisonnier ;
- Château de Marracq ; résidence (dite de Marrac (sic)) achetée en mai 1808 par l'Empereur sur sa cassette personnelle, lors de son séjour, aux frères Marqfoy, riches commerçants juifs de Saint-Esprit. Par la même occasion, il achète le domaine de Saint-Michel contigu à celui de Marrac. Bâtisse incendiée accidentellement (le doute subsiste) en 1825, les ruines sont encore visibles sur la route menant vers Cambo juste après l'Hôpital de Bayonne.
- Citadelle et fortifications de Vauban, percées de sept portes, dont la porte d'Espagne, la porte de Mousserolles et la poterne ;
- fontaine Saint-Léon ;
- remparts du Petit Bayonne ;
- maisons à colombages ;
- 130 caves romanes ou gothiques ;
- nombreux vestiges de fortifications romaines intégrées dans les constructions qui les ont recouvertes ;
- nombreuses maisons nobles et hôtels particuliers des xive xvie, xviie, xviiie et xixe siècles ;
- hôtel de Belzunce ;
- la maison Saint-Joseph recèle un nombre important de tableaux et classés au titre d'objets dans l'inventaire du ministère de la Culture ;
- ancien immeuble des services des Ponts et Chaussées, villa Gomez. On y trouve des meubles répertoriés par le ministère de la Culture ;
- rues au tracé médiéval, certaines à arceaux, d'autres à escaliers ;
- quais de la Nive (demeures du xixe siècle) ;
- Hôtel de Ville, place de la Liberté (ancienne place Gramont). Comprend une salle de spectacle (ex-cinéma), récemment rénovée en Théâtre à l'Italienne.

Bayonne a été récompensée de quatre fleurs au concours des villes et villages fleuris depuis 1998, soulignant les efforts accomplis dans les domaines de la décoration florale, de l’environnement, de la propreté et de l'assainissement, de l’affichage et de l’habitat. En 2008, la ville se désengageait cependant du Conseil national des villes et villages fleuris pour des divergences sur les méthodes d'obtention du fleurissement.
La commune entretient des parcs et des jardins de qualité tels le parc de Caradoc, le jardin public et le jardin botanique, et la promenade des remparts.
Elle dispose également de plusieurs espaces naturels : la plaine d'Ansot, située au sud de la ville, au bord de la Nive, et la barthe d'Ilbaritz.

Site officiel de Bayonne : http://www.bayonne.fr/

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